Le coefficient de consanguinité expliqué

Ce que mesure le coefficient de consanguinité

Le coefficient de consanguinité, noté F, est la probabilité qu'un jeune porte deux copies identiques d'un gène provenant toutes deux d'un seul et même ancêtre : une fois par son père et une fois par sa mère. Le généticien Sewall Wright l'a introduit en 1922, d'où son nom courant de F de Wright.

F appartient au jeune, mais c'est le couple qui le détermine : le coefficient d'un accouplement est le F qu'auront ses jeunes. Un F de 0 signifie que les parents n'ont aucun ancêtre commun connu. Un F de 25 % est ce que donne l'accouplement d'un frère et d'une sœur, ou d'un parent avec son propre jeune.

Plus F est élevé, plus un jeune porte de gènes en deux copies identiques. Les caractères récessifs cachés apparaissent alors plus souvent. C'est utile pour fixer une mutation de couleur, et nuisible quand cela fait ressortir de la faiblesse, une fertilité réduite ou de mauvais résultats d'éclosion, ce que les éleveurs appellent la dépression de consanguinité.

Comment le calculer

La méthode des chemins de Wright part directement du pedigree. Cherchez chaque ancêtre présent à la fois du côté du père et du côté de la mère. Pour chacun de ces ancêtres communs, comptez les générations du père jusqu'à cet ancêtre (n1) et de la mère jusqu'à cet ancêtre (n2). Cet ancêtre contribue alors (½) à la puissance (n1 + n2 + 1).

Additionnez les contributions de tous les chemins et vous obtenez F. Un chemin ne peut pas passer deux fois par le même oiseau : un ancêtre qu'on n'atteint qu'à travers un ancêtre commun plus proche n'ajoute donc rien par lui-même.

La formule complète multiplie aussi chaque contribution par (1 + FA), où FA est la consanguinité de l'ancêtre commun lui-même. Quand on connaît peu le pedigree de cet ancêtre, on prend généralement FA égal à zéro.

Exemples de calcul

Un demi-frère et une demi-sœur ont un parent en commun. De chaque oiseau jusqu'à ce parent, il y a une génération, donc la contribution vaut (½) à la puissance (1 + 1 + 1) = 1/8, soit 12,5 %.

Un frère et une sœur ont les deux parents en commun. Chaque parent contribue 1/8, ensemble 1/4, soit 25 %.

Un parent accouplé à son propre jeune : le parent est lui-même l'ancêtre commun, à zéro génération d'un côté et à une génération de l'autre. Cela donne (½) à la puissance (0 + 1 + 1) = 1/4, soit 25 %.

Des cousins germains ont deux grands-parents en commun, chacun à deux générations des deux côtés : (½) à la puissance (2 + 2 + 1) = 1/32 par grand-parent, ensemble 1/16, soit 6,25 %.

Comment lire le chiffre

Ces repères sont à la base des niveaux de risque affichés par Newbred : aucun (0 %), faible (moins de 6,25 %, moins apparentés que des cousins germains), modéré (de 6,25 à 12,5 %), élevé (de 12,5 à 25 %) et très élevé (25 % et plus, le niveau d'un frère et d'une sœur).

Il n'existe pas de limite sûre unique. Beaucoup d'éleveurs gardent leur élevage courant dans la zone faible et n'acceptent davantage que pour une étape délibérée d'élevage en lignée, suivie d'un croisement avec des oiseaux non apparentés. L'essentiel est de connaître le chiffre avant de décider, et non après l'éclosion.

Ce que le coefficient ne vous dit pas

F ne vaut que ce que vaut le pedigree qui le soutient. Les ancêtres jamais enregistrés sont considérés comme non apparentés : un pedigree court sous-estime donc la consanguinité. Plus vos données remontent loin, plus le chiffre est fiable.

F est aussi une valeur attendue, pas un test ADN. Des frères et sœurs sont en moyenne à 25 %, mais la part réelle de gènes identiques varie d'un jeune à l'autre.

Laissez Newbred faire le calcul

Inutile de suivre les chemins à la main. Quand vous créez un nouveau couple dans Newbred, il parcourt les deux pedigrees jusqu'à dix générations, calcule le F de Wright de leurs jeunes et affiche le niveau de risque ainsi que chaque ancêtre commun avec sa contribution. L'analyse de consanguinité est incluse dans la formule gratuite Débutant.